Haro Bélchez refirió que a lo largo de 200 kilómetros del río se vierten 146.3 toneladas diarias de materia orgánica, 62.8 toneladas de sólidos suspendidos y 14.7 toneladas de nutrientes conformados por materia orgánica, principalmente. También recibe al día 0.14 toneladas de metales pesados como plomo, cromo, cadmio, cobre, mercurio, níquel y zinc, así como 0.09 toneladas de compuestos orgánicos tóxicos, además de contaminación microbiológica variada por las descargas residuales provenientes de procesos industriales y asentamientos humanos. 
 
Casi tres mil 675 industrias textiles, alimenticias, químicas, de alimentos, metalmecánicas, automotrices y productoras de papel son las responsables de emitir estos contaminantes, sobre todo de los municipios de Tepetitla de Lardizábal y San Martín Texmelucan. El procurador federal de Atención al Ambiente expuso que en Tlaxcala sólo 12 municipios cuentan con compromiso de descarga de la Comisión Nacional del Agua (Conagua), lo que representa apenas 25 por ciento. 
 
El problema se agrava debido a que sólo 25 municipios tienen infraestructura de algún tipo para el tratamiento de aguas residuales, pero no todas están en operación. Haro Bélchez afirmó que esta dependencia determinó la clausura de siete empresas, una total y seis parciales, además de que se ordenó el aseguramiento precautorio de los residuos peligrosos generados en cuatro de ellas. Las empresas en cuestión son Tecnoacabados Zaldo (con clausura total), Plami, Costuras y Manufacturas de Tlaxcala, Celulosa de Fibras Mexicanas, Industria Textil de Puebla, Telas del Continente y Síntesis Orgánicas. Entre las irregularidades detectadas se encuentran la falta de registro como empresa generadora de residuos peligrosos y tener residuos peligrosos sin identificar ni clasificar.
 
 Asimismo dichas empresas no exhibieron pruebas de corrosividad, reactividad, explosividad, toxicidad, inflamabilidad y biológico-infecciosa por laboratorios acreditados; tampoco contaban con almacenes de residuos peligrosos, entre otros puntos. A estas medidas se suman dos suspensiones emitidas por la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios (Cofepris) y dos clausuras por la Comisión Nacional del Agua (Conagua), dando un total de 11 empresas que emitían sus residuos al río en condiciones irregulares. 
 
La Profepa llevará a cabo acciones a través de un programa de inspección y vigilancia en materia de descargas de aguas residuales y de residuos peligrosos, así como inspecciones al parque industrial Xicoténcatl, en Tlaxcala. Además buscará integrar a las industrias de la cuenca al Programa Nacional de Auditoría Ambiental, acciones que llevará acabo en los ríos Santiago, Lerma, Blanco, Turbio y Temascatío.